Le vaccin, une usine à variants ?

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“...un nombre croissant de recherches établit un lien entre la « vaccination » contre la COVID‑19 et l'évolution de variantes virales résistantes au vaccin. La liste suivante, composée de plus de 50 articles évalués par des pairs (n=63), suggère que les « vaccins » ont exercé une forte pression sélective sur le virus SARS‑CoV‑2, entraînant rapidement l'apparition de variantes résistantes au « vaccin ». Il est notable que ces variantes ont émergé à proximité temporelle et géographique des essais cliniques des « vaccins » ou des campagnes de « vaccination » de masse :

La variante Alpha a été identifiée pour la première fois dans le comté de Kent, au sud‑est de l'Angleterre^[1], en novembre 2020. Les essais cliniques de phase I/II pour le vaccin à adénovirus AZD1222 (ChAdOx1 nCoV‑19) d'AstraZeneca ont recruté plus de 1 000 participants dans le sud de l'Angleterre en avril 2020^[2], et des milliers d'autres lors des essais de phase III, de mai à décembre 2020.
La variante Delta a été identifiée pour la première fois dans l'État du Maharashtra, en Inde, en octobre 2020^[3]. Les essais cliniques de phases II/III pour le vaccin Covidshield, basé sur l'AZD1222 d'AstraZeneca, ont recruté 1 600 participants dans 14 centres hospitaliers, dont huit dans l'État du Maharashtra, entre juillet et octobre 2020^[4].
La variante Omicron a été identifiée pour la première fois dans la province de Gauteng, en Afrique du Sud, en novembre 2021^[5], après une campagne intense de « vaccination provinciale » d'août à octobre^[6].

À ce sujet, les responsables de la santé publique ont averti que « courir après les variantes » est probablement futile :

En janvier 2023, le Dr Peter Marks, directeur du Centre pour l'évaluation et la recherche sur les produits biologiques de la FDA, a écrit : « Continuer sur la voie actuelle des rappels de vaccins spécifiques aux variantes est inadéquat en tant que stratégie à long terme pour lutter contre la COVID‑19. »
Le Dr Paul Offit, membre du comité consultatif de la FDA sur les vaccins, a déclaré : « L'expérience de l'année passée nous a appris que courir après les variantes Omicron avec un vaccin bivalent est une impasse. »

Bibliothèque de recherche sur les variantes virales SARS‑CoV‑2 et les vaccins

Compilée par le Dr Steven Hatfill, MD, MMed, Erik Sass, et al.
Doi : 10.5281/zenodo.14594436
Dernière mise à jour : 3 janvier 2025.

Al‑Khatib HA et al., « Analyse comparative de la diversité intra‑hôte chez les patients COVID‑19 vaccinés infectés par différentes variantes de SARS‑CoV‑2 », iScience, 2022, 25, 11 : 105438. doi :10.1016/j.isci.2022.105438
• « Dans l’ensemble, la diversité intra‑hôte relativement plus élevée chez les individus vaccinés et la détection de mutations d’échappement immunitaire, bien que rares, suggèrent une pression immunitaire potentiellement induite par les vaccins chez les personnes vaccinées. »
Atlani‑Duault L et al., « L’évasion immunitaire implique la nécessité d’un nouveau contrat social COVID‑19 », Lancet Public Health, 2021, 6, 4 : E199‑E200. doi :10.1016/S2468‑2667(21)00036‑0
• « … Les dynamiques de l’immunité collective naturelle ou vaccinale dans les régions où ces variantes sont apparues ont pu exercer une pression substantielle sur l’écosystème viral, facilitant l’émergence d’une variante avec une transmissibilité accrue… Ce bouleversement virologique a de nombreuses conséquences, non seulement pour les vaccins et les traitements, mais aussi pour les stratégies de prévention et de contrôle. La fin tant attendue de cette crise sanitaire mondiale pourrait être continuellement repoussée, car de nouvelles variantes émergent et l’évasion immunitaire réduit l’efficacité vaccinale à court et moyen terme. Il est donc temps d’abandonner les approches basées sur la peur, reposant sur des confinements généralisés et intermittents, comme réponse principale à la pandémie ; des approches qui attendent des citoyens qu’ils patientent jusqu’à ce que les unités de soins intensifs soient renforcées, que la vaccination soit complète et que l’immunité collective soit atteinte. »
Berkhout B et Herrera‑Carrillo E, « Évolution du SARS‑CoV‑2 : Sur l’apparition soudaine de la variante Omicron », J. Virol., 2022, 96, 7. doi :10.1128/jvi.00090‑22
• « La preuve la plus convaincante pour ce scénario d’évolution darwinienne régulière provient de l’examen des changements génétiques, qui révèlent une préférence marquée pour des mutations modifiant la composition en acides aminés de la protéine spike : 30 mutations non silencieuses contre 1 mutation silencieuse. »
Brand M et Kesmir C, « Évolution des épitopes des lymphocytes T CD4+ spécifiques au SARS‑CoV‑2 », Immunogenetics, 2023, 75 : 283‑293. doi :10.1007/s00251‑023‑01295‑8
• « Dans cette étude, nous avons pour objectif d’étudier les épitopes des lymphocytes T CD4+ spécifiques à la protéine spike in silico et d’examiner l’effet de la pression de sélection vaccinale sur la conservation des épitopes et les mutations dans les variantes préoccupantes. Nous avons démontré in silico que la sélection induite par la vaccination à l’échelle mondiale a des effets marginaux sur les réponses des lymphocytes T CD4 spécifiques au spike du SARS‑CoV‑2, alors que cela pourrait ne pas être le cas pour les réponses des lymphocytes B. Par conséquent, il pourrait être utile d’envisager l’inclusion d’autres protéines du SARS‑CoV‑2, moins sujettes aux mutations, telles que ORF3, NSP3 et la protéine N, dans un futur vaccin. »
Brandolini M et al., « Évasion des sous‑lignées BA.5 d’Omicron et des recombinants XBB à la neutralisation par les anticorps chez les receveurs du vaccin BNT162b2 », Microorganisms, 2023, 11, 1 : 191. doi :10.3390/microorganisms11010191
• « Ces caractéristiques évolutives ont suscité des questions et spéculations intensément débattues, principalement sur la manière dont les vaccins contribueront à l’émergence de nouvelles variantes. De plus, comme de nombreux vaccins sont basés sur la séquence génétique ancestrale de la protéine spike, ils déclenchent une réponse immunitaire relativement “à spectre étroit”, qui peut être facilement et rapidement érodée par l’évolution virale. En fait, il existe des preuves émergentes que le taux de mutation élevé du gène S constitue un terrain fertile pour les mécanismes d’échappement immunitaire, réduisant le potentiel neutralisant des anticorps produits chez les sujets vaccinés. »
Bushman M et al., « Impact populationnel des variantes du SARS‑CoV‑2 avec transmissibilité accrue et/ou échappement immunitaire partiel », Cell, 2021, 184, 26 : P6229‑6242.E18. doi :10.1016/j.cell.2021.11.026
• « Ici, nous utilisons un modèle mathématique pour simuler les dynamiques des souches sauvages et variantes de SARS‑CoV‑2 dans le contexte du déploiement des vaccins et des interventions non pharmaceutiques. Nous montrons que les variantes avec une transmissibilité accrue augmentent fréquemment la gravité des épidémies, tandis que celles avec un échappement immunitaire partiel échouent soit à se propager largement, soit causent principalement des réinfections et des infections percées. Cependant, lorsque ces phénotypes sont combinés, une variante peut continuer à se propager même à mesure que l’immunité se développe dans la population, limitant l’impact de la vaccination et exacerbant l’épidémie. »
Cao Y et al., « L’immunité humorale imprimée par le SARS‑CoV‑2 induit une évolution convergente de la RBD d’Omicron », Nature, 2023, 614 : 521–529. doi :10.1038/s41586‑022‑05644‑7
• « Dans ce travail, nous avons montré que, en raison de l'empreinte immunitaire, notre répertoire immunitaire humorale n’est pas efficacement diversifié par une infection avec de nouvelles variantes d’Omicron. La pression immunitaire sur la RBD devient de plus en plus concentrée et favorise l’évolution convergente, expliquant l’accélération soudaine observée de l’évolution de la RBD du SARS‑CoV‑2 et le schéma de convergence. Bien que cette étude examine uniquement les vaccins inactivés, une empreinte immunitaire est également observée chez les personnes recevant des vaccins à ARN messager. »
Carabelli AM et al., « Biologie des variantes de SARS‑CoV‑2 : échappement immunitaire, transmission et adaptation », Nat Rev Microbiol, 2023, 21 : 162–177. doi :10.1038/s41579‑022‑00841‑7
• « L’adaptabilité accrue du virus associée aux variantes préoccupantes (VOC) résulte d’une interaction complexe entre la biologie du virus et l’immunité humaine en évolution, due à la fois à la vaccination et aux infections antérieures. »
Chaguza C et al., « L’émergence rapide de la variante Omicron de SARS‑CoV‑2 est associée à un avantage infectieux par rapport à Delta chez les personnes vaccinées », Clin. Transl. Rep., 2022, 3, 5 : P325‑334.E4. doi :10.1016/j.medj.2022.03.010
• « À mesure que l’immunité de la population contre le SARS‑CoV‑2 augmente grâce aux infections et à la vaccination, la sélection de variantes partiellement résistantes à la réponse immunitaire, en particulier aux anticorps neutralisants, devrait également augmenter… Nous avons émis l’hypothèse que l’émergence rapide et la propagation de la variante Omicron de SARS‑CoV‑2 étaient en partie dues à sa capacité accrue à échapper à l’immunité acquise par une infection antérieure et/ou la vaccination. En utilisant une population en quête de tests en ambulatoire lorsque Omicron et Delta représentaient une proportion globale relativement égale des infections, nous avons constaté qu’Omicron avait une propension relativement plus élevée à provoquer des infections chez les personnes vaccinées contre la COVID‑19. »
Chang MR et al., « L’analyse d’une cohorte convalescente SARS‑CoV‑2 a identifié une stratégie commune d’échappement des anticorps anti‑RBD induits par le vaccin pour les variantes Beta et Omicron », eBioMedicine, 2022, 80 : 104025. doi :10.1016/j.ebiom.2022.104025
• « L’analyse structurelle des RBD de Beta et Omicron révèle une stratégie partagée d’échappement immunitaire impliquant les résidus K417‑E484‑N501, exploitée par ces variantes préoccupantes… Grâce aux mutations du trio K417‑E484‑N501, le SARS‑CoV‑2 a évolué pour échapper à la neutralisation par la fraction d’anticorps anti‑RBD de classe I/II du plasma à immunité hybride, car la réponse anticorps polyclonale post‑vaccination montre des limites à résoudre les exigences structurelles pour se lier aux RBD mutés. »
Cocherie T et al., « Épidémiologie et caractéristiques des variantes préoccupantes de SARS‑CoV‑2 : impacts des mutations de la protéine spike », Microorganisms, 2023, 11, 1 : 30. doi :10.3390/microorganisms11010030
• « Suite à la propagation du lignage B.1, de nouveaux lignages ont émergé dans un contexte de pression de sélection liée à l’extension de la vaccination et à l’immunisation post‑infectieuse. Ces lignages ont chacun sélectionné des ensembles spécifiques de mutations, de manière asynchrone et géographiquement isolée, ce qui soutient l’hypothèse d’une évolution antigénique convergente, renforcée par la découverte de certaines de leurs mutations dans des lignages indépendants. »
Collier DA et al., « Sensibilité de la variante SARS‑CoV‑2 B.1.1.7 aux anticorps induits par le vaccin à ARN messager », Nature, 2021, 593 : 136–141. doi :10.1038/s41586‑021‑03412‑7
• « En résumé, la présence de multiples mutations d’échappement dans la région NTD soutient l’hypothèse selon laquelle cette région de la protéine spike, en plus du RBM, est également soumise à une pression immunitaire… Nos données suggèrent que l’échappement vaccinal par le virus, face aux vaccins actuels dirigés contre la spike de la souche Wuhan‑1, sera inévitable. »
Day T et al., « Évolution des pathogènes durant les campagnes de vaccination », PLoS Biol, 2022, 20, 9 : e3001804. doi :10.1371/journal.pbio.3001804
• « … L’évolution induite par les vaccins a tendance à se produire chez d’autres pathogènes lorsque les bénéfices de la prophylaxie sont faibles (par exemple, lorsque le vaccin ne supprime pas suffisamment la réplication du pathogène en dessous des niveaux transmissibles) ou lorsqu’ils ciblent un petit nombre d’épitopes du pathogène. Les données suggèrent de plus en plus que, du moins pour le premier cas, cela s’applique au SARS‑CoV‑2 et aux vaccins actuellement déployés. »
Dijokaite‑Guraliuc A et al., « Échappement rapide des nouvelles sous‑variantes Omicron du SARS‑CoV‑2 aux réponses des anticorps dirigées contre BA.2 », Cell Rep., 2023, 42, 2 : 112271. doi :10.1016/j.celrep.2023.112271
• « Globalement, conformément aux observations sur l’ensemble des anticorps monoclonaux décrits ci‑dessus, il y a eu de fortes réductions des titres de neutralisation contre la plupart des sous‑lignées BA.2, en particulier BA.2.75.2, BA.2.3.20, BQ.1 et XBB, suggérant qu’elles ont été sélectionnées pour échapper à l’immunité préexistante aux vaccins ou aux vagues antérieures d’infection par le SARS‑CoV‑2… Il est probable que l’évolution de SARS‑CoV‑2 Omicron soit désormais principalement motivée par une pression extrême visant à échapper aux réponses des anticorps chez les individus vaccinés et/ou naturellement infectés, avec des mutations compensatoires pour maintenir ou augmenter l’affinité pour ACE2. »
Duerr R et al., « Domination des variantes Alpha et Iota dans les infections percées de vaccins COVID‑19 à New York », J Clin Invest, 2021, 131, 18 : e152702. doi :10.1172/JCI152702
• « Malgré l’efficacité globale de la vaccination, notre analyse complète des mutations de la spike a révélé un large ensemble de mutations (n = 23) élevées dans le groupe des infections percées de vaccins. L’analyse indique que la sélection adaptative est en cours et pourrait par la suite se manifester pleinement. »
Duerr R et al., « Adaptation sélective d’Omicron sous pression vaccinale des rappels : une étude observationnelle multicentrique », eBioMedicine, 2023, 97 : 104843. doi :10.1016/j.ebiom.2023.104843
• « Les rappels sont nécessaires pour combler les lacunes en immunité. Leur pression immunitaire discriminante contribue à leur efficacité mais nécessite également une surveillance des processus d’adaptation virale sélective. Les sous‑lignées Omicron BA.2 et BA.5 ont bénéficié d’un avantage sélectif sous la pression des rappels, contribuant à l’évolution des sous‑lignées BA.2 et BA.5 et des formes recombinantes qui prédominent en 2023. »
Fang FF et Pei‑Yong Shi, « Omicron : la perspective d’un développeur de médicaments », Emerg. Microbes & Infect., 2022, 11, 1. doi :10.1080/22221751.2021.2023330
• « Omicron nous a montré que le SARS‑CoV‑2 a le potentiel de dépasser le seuil de protection fourni par les vaccins et les anticorps. Rattraper le SARS‑CoV‑2 sélectionne des variantes plus résistantes et transmissibles et pourrait ne pas réussir à long terme. »
Focosi D et al., « L’évolution convergente dans la spike du SARS‑CoV‑2 crée une “soupe de variants” à partir de laquelle émergent de nouvelles vagues de COVID‑19 », Int. J. Mol. Sci., 2023, 24, 3 : 2264. doi :10.3390/ijms24032264
• « La raison la plus probable de cette convergence est la pression sélective exercée par l’immunité induite par les infections précédentes ou les vaccins… L’action combinée de la charge virale cumulée croissante dans le “milieu de culture humain” et de telles pressions sélectives a conduit à une diversification virale sans précédent en 2022. »
Garcia‑Beltran WF et al., « De multiples variantes de SARS‑CoV‑2 échappent à la neutralisation par l'immunité humorale induite par les vaccins », Cell, 2021, 184, 9 : p2372‑2383.e9. doi :10.1016/j.cell.2021.03.013
• « … nous avons constaté que les variantes B.1.351 présentent une résistance remarquable à la neutralisation, principalement en raison de trois mutations dans la RBD, mais avec une contribution mesurable de mutations hors RBD. L’ampleur de l’effet est telle que les souches B.1.351 ont échappé aux réponses neutralisantes des vaccins aussi efficacement que des coronavirus distants. »
Gayvert K et al., « Trajectoire évolutive des changements dans le génome du SARS‑CoV‑2 durant la vaccination généralisée et l'émergence de la variante Omicron », npj Viruses, 2023, 1 : 5. doi :10.1038/s44298‑023‑00007‑z
• « Notre analyse a révélé que, pendant la première année de la pandémie (2020 à 2021), le génome du SARS‑CoV‑2 était soumis à une forte conservation… Cependant, nous avons observé une augmentation marquée de la diversification de la RBD en 2021 (8,1 % des sites sous pression de diversification jusqu’en 2022), indiquant des pressions sélectives favorisant l'accumulation de mutations. Cette période a coïncidé avec une large infection virale et l'adoption de la vaccination dans le monde entier, et nous avons observé l'acquisition de mutations qui ont ensuite défini les lignées Omicron dans des souches indépendantes de SARS‑CoV‑2… »
Ghmire D et al., « Plasticité structurelle et évasion immunitaire des variantes de la spike du SARS‑CoV‑2 », Viruses, 2022, 14, 6 : 1255. doi :10.3390/v14061255
• « Les virus SARS‑CoV‑2 subissent une pression sélective accrue due aux vaccins, aux approches thérapeutiques et au système immunitaire de l'hôte. La technologie de séquençage du génome complet a permis d'identifier l'émergence de différentes variantes de SARS‑CoV‑2… Ces variantes sont plus transmissibles et potentiellement plus pathogènes et échappent mieux au système immunitaire. Elles portent des mutations accumulées dans la protéine S. Les substitutions d'acides aminés qui en résultent dans S peuvent affecter la capacité de liaison à l’hACE2 et la reconnaissance par les anticorps, posant ainsi des défis constants aux vaccins et aux régimes thérapeutiques actuels. »
Gobeil SMC et al., « Effet des mutations naturelles de SARS‑CoV‑2 sur la structure, la conformation et l'antigénicité de la spike », Science, 2021, 373, 6555. doi :10.1126/science.abi6226
• « Bien que de nombreuses variantes actuellement préoccupantes ou d'intérêt semblent être issues d'une combinaison de dérive génétique, d'adaptation à l'hôte et d'évasion immunitaire, le virus subira de plus en plus la pression des réponses anticorps induites par les vaccins. »
Habib MT et al., « La sélection naturelle façonne l'évolution de SARS‑CoV‑2 Omicron au Bangladesh », Front. Genet., 2023, 14 (Section : Génomique computationnelle). doi :10.3389/fgene.2023.1220906
• « Nous avons trouvé des preuves d'évolution adaptative au sein du gène spike (S) de SARS‑CoV‑2 Omicron isolé du Bangladesh. Au total, 22 sites de codons du gène S ont montré une signature de sélection positive… De plus, l'absence de pression de sélection sur le gène S représentant SARS‑CoV‑2 Delta au Bangladesh indique une possible corrélation entre la vaccination et l'évolution adaptative. »
Hamburg M et GA Poland, « Il est temps d'agir de manière engagée et complète pour atteindre des vaccins contre les coronavirus plus largement protecteurs : feuille de route pour la R&D sur les vaccins contre les coronavirus », Vaccine, 2023, 41, 16 : 2645‑2647. doi :10.1016/j.vaccine.2023.02.053
• « … nous continuons à faire face à une circulation et une évolution continues des virus SARS‑CoV‑2 qui mutent pour échapper aux réponses immunitaires chez des hôtes ayant une couverture vaccinale partielle ou déclinante, aggravant davantage la situation. »
Han W et al., « Prédire l'évolution antigénique du SARS‑CoV‑2 avec l'apprentissage profond », Nat Comm, 2023, 14 : 3478. doi :10.1038/s41467‑023‑39199‑6
• « Nous avons émis l’hypothèse qu’en présence d’une forte pression immunitaire, le virus aurait tendance à échapper à la neutralisation par les anticorps sur une courte échelle de temps. Ainsi, le problème de prévision se transforme en un problème de recherche : à partir d’une séquence initiale, il recherche une séquence de variante dans une plage de distance d’édition avec un potentiel amélioré d’évasion des anticorps sans perdre significativement sa capacité de liaison à ACE2… Ces résultats confirment nos hypothèses : sous la pression de sélection immunitaire, le virus évolue dans le sens de l’évasion immunitaire, et notre modèle peut capturer le potentiel d’évasion des anticorps des variantes virales. »
Harvey WT et al., « Variantes de SARS‑CoV‑2, mutations de la spike et évasion immunitaire », Nat Rev Microbiol, 2021, 19 : 409–424. doi :10.1038/s41579‑021‑00573‑0
• « Étant donné que les traitements (vaccins et thérapies basées sur les anticorps) ciblent principalement la protéine spike du SARS‑CoV‑2, les pressions de sélection favorisant l’émergence de nouvelles variantes portant des mutations d’évasion immunitaire générées lors d’infections chroniques seront similaires à celles sélectionnant des mutations permettant des réinfections dans la population générale. »
He P et al., « Les variantes Delta et Omicron de SARS‑CoV‑2 échappent à la réponse en anticorps de la population par des mutations dans un seul épitope de la spike », Nat Microbiol, 2022, 7 : 1635‑1649. doi :10.1038/s41564‑022‑01235‑4
• « En raison de la pression immunitaire induite par l’infection naturelle et la vaccination, de nombreuses variantes de SARS‑CoV‑2 ont émergé, codant des protéines spike avec des substitutions d’acides aminés qui permettent d’échapper à la neutralisation par les anticorps… Nous identifions ici un rôle important pour VH1‑69 HCDR2 dans l’immunité anti‑SARS‑CoV‑2… Ces “points chauds” de mutation devraient être surveillés en continu, et de futures études devraient aborder les conséquences pathogènes potentielles de l’évasion des anticorps VH1‑69 par le SARS‑CoV‑2. »
Jankowiak M et al., « Inférer les effets de la sélection sur SARS‑CoV‑2 avec la sélection bayésienne des allèles viraux », PLoS Genet., 2022. doi :10.1371/journal.pgen.1010540
• « … nous avons mené une analyse qui permet d’identifier les effets de sélection dépendant de la vaccination et trouvé des preuves intrigantes que S:N501Y présente une aptitude différentielle dépendante de la vaccination… La contribution élevée des mutations du gène S (notamment dans la RBD) par rapport aux mutations hors gène S à partir de novembre 2021 est apparente. Collectivement, ces deux résultats suggèrent que l’évasion immunitaire est devenue un facteur de plus en plus important dans l’évolution du SARS‑CoV‑2 au fil du temps, probablement en raison de l’augmentation des taux d’immunité convalescente et induite par les vaccins contre la spike. »
Jena D et al., « Impact de la vaccination sur l'évolution de SARS‑CoV‑2 et les variantes d'évasion immunitaire », Vaccine, 2024, 42, 21 :10.1016/j.vaccine.2024.07.054
• « Notre analyse comparative a révélé une incidence significativement plus élevée de variantes de nucléotides simples intra‑hôte (iSNVs) chez les cas vaccinés par rapport aux cas non vaccinés (valeur p < 0,0001). De plus, nous avons constaté que certains processus mutationnels, y compris ceux médiés par APOBEC (C > T) et ADAR1 (A > G), étaient plus répandus chez les cas vaccinés. Les cas vaccinés présentaient une accumulation plus importante de mutations non synonymes par rapport aux cas non vaccinés… Nos résultats suggèrent que le vaccin joue un rôle important dans l’évolution du génome viral. »
Kennedy DA et AF Read, « Surveiller l’évolution de la résistance aux vaccins COVID‑19 pendant les essais cliniques », PLoS Biol., 2020, 18, 11 : e3001000. doi :10.1371/journal.pbio.3001000
• « Pour éviter d’être pris au dépourvu par l’évolution de la résistance aux vaccins, les échantillons standard des essais cliniques peuvent être réutilisés pour évaluer le risque d’évolution de la résistance avant même qu’un vaccin ne soit homologué. »
Konishi T, « Les mutations dans le SARS‑CoV‑2 augmentent face à l'immunité acquise », PLoS One, 2022, 17, 7 : e0271305. doi :10.1371/journal.pone.0271305
• « Dans Omicron, il y avait une forte densité de mutations dans la spike, suggérant qu'une pression de sélection visait à éviter l'immunité acquise apportée par les vaccins monovalents… Ces résultats suggèrent que le vaccin à ARNm précoce a perdu son efficacité. Par conséquent, la sixième vague au Japon devient extrêmement élevée sans se calmer, ce qui pourrait être dû à la dépendance du gouvernement uniquement aux vaccins. »
Koyoma T et al., « Évasion de l'immunité humorale induite par les vaccins par les sous‑variantes émergentes de SARS‑CoV‑2 », Future Microbiol., 2022, 17, 6 : 417‑424. doi :10.2217/fmb‑2022‑0025
• « … la pression de sélection exercée par les vaccins pourrait ouvrir la voie à d'autres mutants d'évasion dans un avenir proche. »
Kumar N et al., « Analyses bayésiennes de datation moléculaire combinées à un profilage mutationnel suggèrent une origine indépendante et une évolution des sous‑lignées Omicron BA.1 et BA.2 de SARS‑CoV‑2 », Viruses, 2022, 14, 12 : 2764. doi :10.3390/v14122764
• « Cependant, en cas d'apparition de multiples nouvelles mutations dans la protéine spike d'Omicron, distinctes dans les sous‑lignées BA.1 et BA.2, ainsi que de leurs ancêtres communs les plus récents estimés, il semble plus plausible de conclure qu'une combinaison de classes d'anticorps thérapeutiques dirigées contre la RBD et la NTD à des doses sous‑optimales chez des patients atteints de COVID‑19 ou des doses optimales chez des patients immunodéprimés, ou encore une immunité vaccinale affaiblie, a pu fournir un environnement propice à l'accumulation de mutations multiples dans la spike d'Omicron. »
Kumar SW et al., « Pression immunitaire induite par les vaccins et dynamique mutationnelle du SARS‑CoV‑2 dans les infections percées », Gene Rep., 2024, 35 : 101899. doi :10.1016/j.genrep.2024.101899
• « Les individus vaccinés présentent des taux de mutation significativement plus élevés, y compris des mutations d'évasion immunitaire… La pression de sélection peut favoriser des mutations virales pour une évasion immunitaire accrue. »
Lewnard JA et al., « Sensibilité accrue d'une variante émergente de SARS‑CoV‑2 aux vaccins », Nat Commun, 2023, 14 : 3854. doi :10.1038/s41467‑023‑39567‑2
• « Les facteurs immunologiques et évolutifs à l'origine de cette bifurcation apparente dans l'évasion des réponses dérivées des vaccins et des infections pour XBB/XBB.1.5 méritent une investigation plus approfondie. Notamment, les vaccins disponibles aux États‑Unis (mRNA‑1273, BNT162b2, Ad.26.COV2.S, et NVX‑CoV2373) ciblent uniquement l'antigène spike du SARS‑CoV‑2. En revanche, l'infection par le SARS‑CoV‑2 induit des réponses contre une gamme d'antigènes, dont certains peuvent être indépendamment associés à la protection. »
Li X, « Omicron : appel à des vaccins mis à jour », J. Med. Virol., 2022, 94, 4 : 1261‑1263. doi :10.1002/jmv.27530
• « La variante Omicron du SARS‑CoV‑2 a potentiellement été générée à partir d'un patient atteint de COVID‑19 chronique vacciné avec un vaccin à ARNm ou non‑ARNm, offrant ainsi au virus l'opportunité d'évoluer et de muter pour échapper à la réponse immunitaire de l'organisme. Pour comprendre la signification de cette variante et son impact sur la réponse mondiale à la pandémie, les vaccinalogues devraient évaluer systématiquement le rôle des vaccins à ARNm et non‑ARNm dans la génération de nouvelles variantes, y compris les variants préoccupants (VOCs) et les variants d'intérêt (VOIs), via l'immunité percée induite par les vaccins. »
Lomoio U et al., « Structure des protéines et mutations des séquences de SARS‑CoV‑2 : Analyse évolutive et effets sur les variantes virales », PLoS One, 2023, 18, 7 : e0283400. doi :10.1371/journal.pone.0283400
• « Nous explorons les modèles de changements dans une dimension temporelle et comparons la distribution cumulative de la vaccination avec les caractéristiques des variantes. Bien que nous ne puissions pas établir de causalité directe entre la vaccination et l'évolution, il convient de noter que la chronologie des vaccinations se situe au milieu entre les premières variantes de SARS‑CoV‑2 et Omicron. En tenant également compte des caractéristiques cliniques d'Omicron en termes d'échappement vaccinal et de neutralisation de la réponse immunitaire, nous pouvons supposer que l'effet de tous les changements d'Omicron peut être lié aux modifications structurelles révélées par les mesures rapportées ci‑dessus. »
López‑Cortés GI et al., « La protéine spike de SARS‑CoV‑2 s'adapte en raison de pressions sélectives », Vaccines, 2022, 10, 6 : 864. doi :10.3390/vaccines10060864
• « Nos résultats suggèrent que les pressions sélectives sont induites par la vaccination de masse dans le monde entier et par la persistance des infections récurrentes chez les individus immunodéprimés, qui n'ont pas éliminé l'infection et ont fini par faciliter la sélection de virus dont les caractéristiques diffèrent des précédents VOC, moins pathogènes mais avec une transmissibilité accrue. »
Magazine N et al., « Mutations et évolution de la protéine spike de SARS‑CoV‑2 », Viruses, 2022, 14, 3 : 640. doi :10.3390/v14030640
• « Associé au fait que nombre de ces mutations se produisent dans la variante Omicron (apparue seulement après la distribution généralisée des vaccins), il est possible que la résistance aux anticorps neutralisants (en particulier ceux trouvés dans les sérums postvaccinaux) ciblant la NTD joue un rôle majeur dans la sélection positive de SARS‑CoV‑2… Les mutations au sein de la protéine S des variantes circulantes de SARS‑CoV‑2 augmentent à un rythme significatif et devraient se produire plus fréquemment à mesure que les pressions sélectives de l'immunité de l'hôte acquise lors d'infections antérieures et/ou par vaccination continuent de favoriser une évolution rapide. »
Mahroum N et al., « Remplacement de souches induit par les vaccins : théorie et implications réelles », Future Microbiol., 2024, 19, 11 : 1017‑1026. doi :10.1080/17460913.2024.2345003
• « … l'augmentation de la fitness des souches non ciblées par les vaccins et les changements métaboliques dans les sous‑types ont été décrits. Des exemples classiques incluent les infections pneumococciques et les maladies virales, comme le papillomavirus humain… Le récent virus SARS‑CoV‑2 responsable de la pandémie de COVID‑19 a été corrélé au remplacement de souches pathogènes induit par les vaccins. »
Martin DP et al., « L'analyse de sélection identifie des clusters de mutations inhabituelles dans la lignée Omicron BA.1 susceptibles d'impacter la fonction de la spike », Mol Biol Evol., 2022, 39, 4 : msac061. doi :10.1093/molbev/msac061
• « Compte tenu des avantages évidents de croissance épidémique d'Omicron par rapport aux lignées de SARS‑CoV‑2 précédemment connues, il est crucial de déterminer comment de telles constellations complexes et hautement adaptatives de mutations ont été assemblées au sein du gène S d'Omicron, et pourquoi, malgré des efforts de surveillance génomique mondiale sans précédent, les premières étapes de ce processus d'assemblage sont restées complètement inaperçues. »
McLeod DV et S Gandon, « Effets de l'épistasie et de la recombinaison entre les allèles d'échappement vaccinal et de virulence sur la dynamique d'adaptation des pathogènes », Nat Ecol Evol., 2022, 6 : 786–793. doi :10.1038/s41559‑022‑01709‑y
• « Nous montrons que les vaccins bloquant l'infection, réduisant la transmission et/ou augmentant l'élimination génèrent une épistasie positive entre les allèles d'échappement vaccinal et de virulence, favorisant les souches portant les deux mutations, tandis que les vaccins réduisant la mortalité de la virulence génèrent une épistasie négative, favorisant les souches portant soit l'une, soit l'autre mutation, mais pas les deux. »
Meganck RM et al., « Fitness et adaptation des variantes préoccupantes de SARS‑CoV‑2 dans l'épithélium respiratoire humain primaire », Cell Rep., 2024, 43, 4 : 114076. doi :10.1016/j.celrep.2024.114076
• « La variante Omicron est apparue en novembre 2021, à une époque où environ 4 milliards de personnes auraient été vaccinées et où davantage auraient probablement été infectées précédemment. Le niveau accru d'immunité de la population constituait probablement une pression sélective sur le virus. Les nouvelles souches émergentes Omicron BA.1 contenaient une proportion plus importante de mutations virales localisées dans la protéine spike, la principale cible antigénique des réponses immunitaires adaptatives contre SARS‑CoV‑2, par rapport aux variantes précédentes. »
Messali S et al., « L'émergence de quasi‑espèces basées sur le gène S explique une adaptation optimale de la sous‑variante Omicron BA.5 chez l'hôte humain immunocompétent vacciné », J Med Virol., 2023, 95, 1 : e28167. doi :10.1002/jmv.28167
• « La faible fréquence de quasi‑espèces observée chez les patients infectés par BA.2.3 et BA.5 soutient l'hypothèse selon laquelle ces sous‑lignées d'Omicron sont adaptées aux réponses immunitaires induites par les vaccins. »
Mussò N et al., « Le taux élevé de mutations génétiques de SARS‑CoV‑2 sous pression sélective immunitaire : de l'oropharyngé B.1.1.7 au pulmonaire B.1.533 chez un patient vacciné », Int. J. Infect. Dis., 2022, 118 : 169‑172. doi :10.1016/j.ijid.2022.02.044
• « La réaction immunitaire était une combinaison de la vaccination et de la réponse immunitaire après l'infection par le SARS‑CoV‑2, mais la présence d'anticorps n'a pas entraîné la destruction de l'ARN viral avant qu'il ne provoque une infection pulmonaire. Au contraire, elle a accéléré le processus normal de "réarrangement spécifique intra‑hôte", comme en témoigne la présence d'un nouveau lignage intra‑pulmonaire caractérisé par 5 SNP faiblement exprimés dans le monde entier. »
Nabel KA et al., « Base structurelle pour l'évasion continue des anticorps par le domaine de liaison au récepteur de SARS‑CoV‑2 », Science, 2021, 375, 6578. doi :10.1126/science.abl6251
• « Alors que le SARS‑CoV‑2 se réplique sous la pression sélective de l'immunité naturelle et induite par les vaccins, des variantes préoccupantes (VOC) continuent d'émerger. Grâce à l'évolution adaptative, ces variantes acquièrent des mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la spike, qui se lie à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2)… Nous avons constaté que l'accumulation d'un grand nombre de mutations dans le RBD est facilitée par la plasticité structurelle à l'interface RBD–ACE2 et érode encore davantage l'activité des anticorps thérapeutiques et des sérums des receveurs de vaccins. En outre, l'acquisition d'un glycan N‑lié sur le RBD de SARS‑CoV‑2 constitue une voie supplémentaire d'évasion de la neutralisation, qui devrait être surveillée de près pendant la dérive antigénique virale. »
Oliviera JR et al., « Réponses immunodominantes des anticorps dirigées contre les sites de mutation de SARS‑CoV‑2 et risque d'évasion immunitaire », Front. Immunol., 2023, 13 (Section : Immunologie virale). doi :10.3389/fimmu.2022.1010105
• « Nos résultats ont montré que, parmi les convalescents, une réponse plus ciblée, avec moins de peptides reconnus, était associée à des titres de neutralisation plus élevés. Nous pensons que la pression immunitaire après la vaccination a contribué à la propagation des épitopes et probablement à la montée d'Omicron, qui présente plusieurs mutations dans le RBD et une capacité d'évasion de la neutralisation par les anticorps. »
Rolland M et PB Gilbert, « Analyse des tamis pour comprendre comment la diversité de SARS‑CoV‑2 peut impacter la protection vaccinale », PLoS Pathog., 2021, 17, 3 : e1009406. doi :10.1371/journal.ppat.1009406
• « La récente propagation de variantes marginales souligne la nécessité de suivre rapidement l'impact de la pression exercée par les vaccins sur l'évolution de SARS‑CoV‑2… Les variantes B.1.1.7 (identifiée pour la première fois au Royaume‑Uni), B.1.351 (identifiée pour la première fois en Afrique du Sud) et P.1 (identifiée pour la première fois au Brésil) ont plus de mutations que prévu à ce stade de la pandémie, et une grande fraction de ces mutations se trouvent dans la spike, indiquant une pression sélective probable derrière leur émergence… La pression sélective exercée par le vaccin, combinée à une couverture vaccinale limitée dans la population, pourrait ouvrir des niches écologiques où des variantes rares, potentiellement dotées de profils de résistance défavorables, pourraient surpasser les virus circulants. »
Rouzine IM et G Rozhnova, « Implications évolutives de la vaccination contre le SARS‑CoV‑2 pour la conception future de stratégies de vaccination », Commun. Med., 2023, 3, 86. doi :10.1038/s43856‑023‑00320‑x
• « La vaccination de masse, comme nous le montrons ci‑dessous, pourrait augmenter cette pression et accélérer l'évolution de SARS‑CoV‑2 dans les épitopes de la spike par rapport à une infection naturelle. »
Sanyaolu A et al., « La variante Omicron (B.1.1.529) du SARS‑CoV‑2 : Une préoccupation liée à l'évasion immunitaire », World J Virol, 2022, 11, 3 : 137–143. doi :10.5501/wjv.v11.i3.137
• « Enfin, il a été proposé que la sélection naturelle puisse résulter de mutations augmentant l'infectiosité virale, la résistance aux anticorps et les percées vaccinales. La descendance évolutive des lignées Omicron a montré que les mutations sont survenues sous la pression de sélection des anticorps induits par l'infection, la vaccination, ou les deux, à grande échelle dans la population humaine. »
Servellita V et al., « Prédominance des variantes résistantes aux anticorps dans les cas de percée vaccinale dans la région de la baie de San Francisco, Californie », Nat Microbiol, 2022, 7 : 277‑288. doi :10.1038/s41564‑021‑01041‑4
• « La prédominance des variantes évitant le système immunitaire parmi les cas post‑vaccination indique une possible pression sélective favorisant les variantes d'échappement résistantes aux anticorps circulant localement au fil du temps dans la population vaccinée. »
Tan CW et al., « La variante Omicron de SARS‑CoV‑2 a émergé sous sélection immunitaire », Nat Microbiol, 2022, 7 : 1756–1761. doi :10.1038/s41564‑022‑01246‑1
• « En utilisant les mêmes panels de sérums, nous avons démontré une évasion encore plus puissante des anticorps neutralisants induits par les vaccins à ARNm par les sous‑variantes d'Omicron BA.2.11 et BA.5, portant respectivement les mutations additionnelles L452R et L452R/F486V/R493Q… Nous proposons que la variante Omicron de SARS‑CoV‑2 ait émergé sous la sélection immunitaire imposée durant deux années de transmission virale chez l'humain. »
Vanden Bossche G, lettre adressée à la législature de l'État d'Oregon, « La science derrière les conséquences catastrophiques de l'intervention humaine irréfléchie dans la pandémie de Covid‑19 », 13 mars 2021.Lettre en ligne
• « Pourquoi les vaccins contre la Covid‑19 sont‑ils susceptibles d'accroître l'infectiosité virale ? C'est parce qu'ils sont des vaccins prophylactiques – conçus pour induire une immunité chez les individus avant qu'ils ne soient exposés à l'agent pathogène/virus. Ils ne conviennent pas du tout à une administration pendant une pandémie… Exercer une pression immunitaire élevée sans prévenir la réplication et la transmission virales est une recette pour l'évasion immunitaire virale sélective. »
van Dorp CH et al., « Estimation de la force de sélection pour les nouvelles variantes de SARS‑CoV‑2 », Nat Commun, 2021, 12 : 7239. doi :10.1038/s41467‑021‑27369‑3
• « Le déploiement progressif des programmes de vaccination à l'échelle mondiale modifie le paysage immunologique, pouvant conduire à l'émergence de souches échappant partiellement ou totalement aux vaccins existants… Intégrer la surveillance épidémiologique moléculaire dans les pipelines de SARS‑CoV‑2 est essentiel non seulement pour surveiller l'émergence de nouvelles souches, mais aussi pour établir un système d'alerte précoce visant à détecter les mutations d'échappement à l'ère des vaccins. »
van Egeren D et al., « Risque d'évasion évolutive rapide des interventions biomédicales ciblant la protéine spike de SARS‑CoV‑2 », PLoS One, 2021, 16, 4 : e0250780. doi :10.1371/journal.pone.0250780
• « Nos modélisations suggèrent que les mutants de SARS‑CoV‑2 avec une ou deux mutations légèrement délétères devraient exister en grand nombre en raison de variations génétiques neutres, et que, par conséquent, la résistance aux vaccins ou à d'autres prophylactiques s'appuyant sur un ou deux anticorps pour la protection peut se développer rapidement – et de manière répétée – sous sélection positive. »
Wang Q et al., « Propriétés alarmantes d'évasion des anticorps des sous‑variantes BQ et XBB de SARS‑CoV‑2 », Cell, 2023, 186, 2 : P279‑286.E8. doi :10.1016/j.cell.2022.12.018
• « Ensemble, nos résultats indiquent que les sous‑variantes BQ et XBB représentent des menaces sérieuses pour les vaccins COVID‑19 actuels, rendent inactifs tous les anticorps autorisés, et ont peut-être gagné en dominance dans la population grâce à leur avantage en évasion des anticorps. »
Wang R et al., « Variantes émergentes de SARS‑CoV‑2 échappant aux vaccins », ACS Infect. Dis., 2022, 8, 3 : 546–556. doi :10.1021/acsinfecdis.1c00557
• « Nous montrons que les variantes dominantes peuvent être expliquées quantitativement par des mutations renforçant l'infectiosité et échappant aux vaccins (co‑mutations) dans le RBD de la spike en raison de la sélection naturelle et/ou de la pression évolutive induite par les vaccins. Nous illustrons que les mutations renforçant l'infectiosité étaient le principal mécanisme d'évolution virale, tandis que les mutations échappant aux vaccins deviennent un mécanisme évolutif dominant parmi les populations fortement vaccinées… Nous prévoyons un besoin urgent de développer de nouvelles stratégies de lutte contre le virus. »
Wang R et al., « Mécanismes d'évolution de SARS‑CoV‑2 révélant des mutations résistantes aux vaccins en Europe et en Amérique », J. Phys. Chem. Lett., 2021, 12, 49 : 11850–11857. doi :10.1021/acs.jpclett.1c03380
• « En suivant les trajectoires évolutives des mutations résistantes aux vaccins dans plus de 2,2 millions de génomes de SARS‑CoV‑2, nous révélons que l'occurrence et la fréquence des mutations résistantes aux vaccins sont fortement corrélées aux taux de vaccination en Europe et en Amérique. »
Wang Z et al., « Anticorps induits par le vaccin à ARNm contre le SARS‑CoV‑2 et les variantes circulantes », Nature, 2021, 592 : 616–622. doi :10.1038/s41586‑021‑03324‑6
• « Néanmoins, l'émergence de ces variantes spécifiques est cohérente avec la domination des réponses anticorps de classe 1 et 2 chez les individus infectés ou vaccinés. Nous supposons que ces mutations sont apparues en réponse à la sélection immunitaire chez des individus avec une immunité non stérilisante. »
Yang Z et al., « Les variantes de SARS‑CoV‑2 augmentent la stabilité cinétique des conformations ouvertes de la spike comme stratégie évolutive », mBio, 2022, 13, 1. doi :10.1128/mbio.03227‑21
• « Sous la pression de sélection imposée par l'adaptation à l'hôte humain et l'augmentation des vaccinations et des patients convalescents, SARS‑CoV‑2 évolue et a adopté de nombreuses mutations sur les variantes de la spike. Celles‑ci favorisent la propagation du virus et l'évasion immunitaire, en partie en augmentant la propension de la spike à adopter des conformations ouvertes compétentes pour la liaison au récepteur. »
Zhang Y et al., « La vaccination façonne la diversité intra‑hôte de SARS‑CoV‑2 dans les infections percées d'Omicron BA.2.2 », J. Infect. Dis., 2024, 229, 6 : 1711‑1721. doi :10.1093/infdis/jiad572
• « L'enrichissement des mutations dans le gène de la spike indique une pression de sélection exercée par la vaccination sur l'évolution de SARS‑CoV‑2. »
Zhao H et al., « VOC‑alarm : prédiction des variants préoccupants de SARS‑CoV‑2 basée sur les mutations », Bioinform., 2022, 38, 14 : 3549‑3556. doi :10.1093/bioinformatics/btac370
• « Nous avons comparé les rythmes d'évolution qui ont provoqué les mutations rapides des VOC dans les phases I, III, V et VII (prédite pour Omicron). De Alpha à Delta, le rythme d'évolution a significativement diminué… ce qui pourrait être lié au déploiement rapide des vaccins fin 2020 et début 2021. Cependant, de Delta à Delta plus et Omicron, le rythme d'évolution a significativement augmenté… Cela pourrait être associé à l'adaptabilité des nouveaux VOC aux pressions sélectives causées par les vaccins. »
Zhou D et al., « Preuves de l'évasion de la variante B.1.351 de SARS‑CoV‑2 face aux sérums naturels et induits par les vaccins », Cell, 2021, 184, 9 : P2348‑2361.E6. doi :10.1016/j.cell.2021.02.037
• « La surface de liaison à l'ACE2 est dans une certaine mesure le talon d'Achille du virus, car elle peut être bloquée par certains anticorps neutralisants ; cependant, étant donné qu'elle est si petite, elle menace également l'évasion immunitaire, car de petits changements peuvent perturber les anticorps neutralisants, réduisant ainsi la capacité de l'immunité naturelle ou acquise par vaccin à contenir la réplication virale. La pression sélective pour des changements dans la surface d'interaction ACE2 peut donc avoir deux moteurs distincts. Premièrement, comme le SARS‑CoV‑2 a récemment franchi une barrière zoonotique, on peut s'attendre à ce que l'évolution de la surface d'interaction ACE2 se produise pour augmenter l'affinité à l'ACE2 et ainsi accroître la transmissibilité virale. Deuxièmement, à l'inverse, les changements dans la surface d'interaction ACE2 peuvent également réduire la protection offerte par une infection ou une vaccination précédente, conduisant potentiellement à une évasion de l'immunité préexistante induite par l'infection naturelle ou les vaccins. »